Existem três tipos de filtragem: biológica, mecânica e química. A filtragem biológica decompõe a amónia tóxica que os peixes produzem como desperdícios. Todos os aquários com peixes TÊM de ter filtragem biológica; a filtragem biológica é a mais barata, a mais eficiente e a forma mais estável de decompor a amónia tóxica. A filtragem mecânica agarra partículas tais como folhas de plantas, restos de comida, etc. (conhecidas como humus), permitindo serem removidas do tanque antes de se decomporem em amónia. A filtragem química (p.ex. carvão activado, zeólitos) pode retirar (dentro de certos limites) substâncias tais como amónia, metais pesados, matéria orgânica dissolvida, etc. quimicamente. A filtragem química é mais usada para lidar com problemas de curto prazo, tais como remover medicamentos após terem cumprido a sua função, ou purificar a água da torneira antes de ir para o aquário. Um aquário saudável não necessita de filtros químicos tais como o carvão activado.

Um ponto em particular não se pode deixar de reafirmar. TODOS OS AQUÁRIOS TÊM DE TER FILTRAGEM BIOLÓGICA. Embora a filtragem química consiga remover a amónia em certas condiçõesNÃO É uma solução definitiva.

Os filtros típicos efectuam alguns ou todos os tipos de filtragem em série. Filtragem mecânica (se presente) ocorre normalmente primeiro (sendo chamada "pré-filtro"), apanhando partículas que poderiam entupir os estágios seguintes. A filtragem biológica vem normalmente em seguida, seguida pela secção química (se presente). Se a filtragem química é ou não útil (ou mesmo necessária) depende da pessoa com quem falar. Pode ajudar a remover medicamentos após o período de utilização ter terminado (mudanças parciais da água produzem o mesmo efeito). Também removem elementos necessários para o crescimento das plantas (com resultados óbvios). A não ser que tenha boas razões para acreditar que as suas circunstâncias requerem filtragem química, evite-a.

Os filtros requerem manutenção. Por exemplo, se permitir a acumulação de detritos no filtro mecânico, estes decompõe-se em amónia, negando o seu papel principal. Assim, a eficácia de um filtro biológico diminui à medida que fica congestionado. A filtragem biológica requer movimento de água através de uma grande superfície à qual as bactérias tenham aderido (p.ex. areão, lã de vidro). Quanto menor a superfície disponível, menor a eficácia do filtro. Filtros de fundo limpam-se aspirando regularmente o areão (e.g., enquanto se faz uma troca parcial de água). Filtros exteriores e filtros motorizados limpam-se removendo o conteúdo e torcendo ligeiramente num balde de água do aquário (a água da torneira pode conter substâncias destruidoras de bactérias).

Não existe nenhuma fórmula mágica para determinar o tamanho do filtro que se necessita. Verifique os dados fornecidos pelos fabricantes e seja conservador. Não se consegue ter filtragem a mais (embora se possa ter demasiado movimento de água) por isso mais vale exagerar. Os filtros são discutidos com mais pormenor na FAQ de Filtros.